Vamos aprender a controlar a comissão sobre os contratos.
Para esse tipo de comissão nada é configurado no cadastro do funcionário, tudo fica no contrato. E por ser relativo a contratos, só se aplica aos segmentos de imobiliárias, cobranças e gestão de mensalidades.
O contrato pode ter até dois funcionários, que você seleciona na aba GERAL. E na aba COMISSÃO você indica o percentual deles:

Dá para definir a comissão dos dois separadamente, mas você perceberá também que existem ajustes extras nessa aba. O campos INCIDÊNCIA COMISSÃO permitem escolher se a comissão será calculada sobre o valor bruto do contrato/mensalidade, ou se será sobre o valor com desconto, caso exista. Já os campos INCLUI NA COMISSÃO permitem escolher se os juros, a multa, e as cobranças adicionais entram no cálculo ou não. E claro, além os dois campos vai indicar o percentual no campo COMISSÃO também.
Por padrão, todo contrato que adiciona considera que a comissão será calculada sobre o valor bruto, sem desconto, e sem incluir os juros, a multa e as cobranças no cálculo, mas você define de acordo com seu formato de trabalho.
Uma vez tudo ajustado você gerencia os pagamentos do contrato pelo botão PAGAMENTO:

E é no próprio pagamento que a comissão entra:

Você verá o percentual e o valor dos dois funcionários, e pode alterar livremente. Caso altere o valor o percentual é calculado, e vice versa. Alterar uma parcela não afeta as outras e nem o contrato.
Quando a parcela é dada como paga, ou seja, a data de pagamento é preenchida, e ela tem comissão, o valor vai entrar no caixa do funcionário. Você pode ir no controle de funcionários, localizar ele, e usar o botão CAIXA no topo da tela para consultar as comissões:

Esse caixa admite lançamentos de valores manuais, então as comissões entram com o tipo COMISSÃO para classificar elas:

E o histórico detalha o número do contrato e da parcela.
Nesse ponto você tem apenas a consulta, nenhum lançamento financeiro dessas comissões ocorreu ainda. Para isso ocorrer, você pode lançar o total delas como débito no financeiro, ou então usar o módulo de pagamento de salários, clicando em SALÁRIO no topo do controle de funcionários:

Pesquisa o período e clica em PAGAR. Mais a frente farei um artigo apenas para explicar esse módulo, que envolve mais coisas, mas em resumo é o fluxo de gestão das comissões.