Vamos aprender como fechar vendas para funcionários.
Para isso nós usamos uma forma de pagamento chamada VALE DE FUNCIONÁRIO:

O sistema já vem com esta forma criada, mas se desejar pode alterar seu nome. Porém o tipo deve ser vale funcionário para que ela funcione adequadamente, e o sistema não deixa alterar esse campo na forma padrão criada durante a instalação.
Se fizermos uma venda ou qualquer outro pagamento usando esta forma, esta venda não vai gerar lançamentos no financeiro.

É interessante notar que a venda em si é contabilizada no sistema, por isso recomendamos usar o cliente consumidor, para não gerar estatísticas desnecessárias para nenhum cliente com cadastro.
Os valores pagos via vale de funcionário entrarão no controle de funcionários:

Em CAIXA:

Este módulo de caixa serve para concentrar valores que o funcionário tem a receber ou pagar, além do salário descrito no cadastro. O lançamento gerado pela venda se parece com esse da imagem:

Caso utilize a função de SALÁRIO do controle de funcionários, os valores contabilizados em seu caixa serão considerados no cálculo.

No exemplo acima, simulei a situação mais simples possível: ele tem um salário de R$ 2500,00, e comprou um produto de R$ 3,00 no vale, que caiu em seu caixa e será descontado do salário. Caso clique em PAGAR na tela acima o sistema lançará o valor de R$ 2497,00 no fluxo de caixa.
Veja que este método não gera alertas e serve mais para quem controla ativamente o caixa do funcionário pelo sistema. Mas você pode simplesmente cadastrar ele como cliente e usar as formas de pagamento que usaria normalmente para seus clientes, para receber o pagamento sem passar por este controle específico. Fica a seu critério se vale ou não apena usar.